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北太天元應用案例分享:用向量機做心臟病篩查

標簽: 數(shù)模競賽

社區(qū)小助手 2024-06-27 10:03:57

數(shù)據(jù)

age,sex,cp,trestbps,chol,fbs,restecg,thalach,exang,oldpeak,slope,ca,thal,target

42,1,1,120,295,0,1,162,0,0,2,0,2,1

48,0,2,130,275,0,1,139,0,0.2,2,0,2,1

54,1,2,120,258,0,0,147,0,0.4,1,0,3,1

54,0,2,108,267,0,0,167,0,0,2,0,2,1

51,0,2,130,256,0,0,149,0,0.5,2,0,2,1

57,0,0,128,303,0,0,159,0,0,2,1,2,1

61,1,0,138,166,0,0,125,1,3.6,1,1,2,0

45,1,0,115,260,0,0,185,0,0,2,0,2,1

60,0,3,150,240,0,1,171,0,0.9,2,0,2,1

49,0,0,130,269,0,1,163,0,0,2,0,2,1

53,1,2,130,246,1,0,173,0,0,2,3,2,1

54,1,0,140,239,0,1,160,0,1.2,2,0,2,1

51,1,0,140,298,0,1,122,1,4.2,1,3,3,0

49,1,2,118,149,0,0,126,0,0.8,2,3,2,0

58,1,2,105,240,0,0,154,1,0.6,1,0,3,1

48,1,1,130,245,0,0,180,0,0.2,1,0,2,1

48,1,0,122,222,0,0,186,0,0,2,0,2,1

52,1,2,138,223,0,1,169,0,0,2,4,2,1

54,1,1,192,283,0,0,195,0,0,2,1,3,0

63,0,0,150,407,0,0,154,0,4,1,3,3,0

70,1,1,156,245,0,0,143,0,0,2,0,2,1

這是一個關于心臟病篩查的數(shù)據(jù)集片段,每一行代表一個病人的信息。以下是各列字段的解釋:

  • age:年齡 - 病人的年齡(以歲為單位)。

  • sex:性別 - 通常為0(女性)或1(男性)。

  • cp:胸痛類型 - 這是一個分類變量,表示胸痛的類型。不同的數(shù)字可能代表不同的胸痛類型(例如,0可能表示無胸痛,1、2、3、4可能代表不同類型的胸痛)。

  • trestbps:靜息血壓 - 病人在靜息狀態(tài)下的血壓(單位可能是mmHg)。

  • chol:血清膽固醇 - 病人的血清膽固醇水平(單位可能是mg/dL)。

  • fbs:空腹血糖 - 病人的空腹血糖水平(0可能表示正常,1可能表示高于正常)。

  • restecg:靜息心電圖結果 - 這可能是一個分類變量,表示靜息狀態(tài)下的心電圖結果。

  • thalach:最大心率 - 病人能達到的最大心率(單位可能是次/分鐘)。

  • exang:運動誘發(fā)的心絞痛 - 0可能表示沒有,1可能表示有。

  • oldpeak:ST段下降 - 這是心電圖的一個參數(shù),可能表示心肌缺血的程度(單位可能是mV或其他相關單位)。

  • slope:ST段峰值斜率 - 這也是心電圖的一個參數(shù),可能與心臟的病理狀況有關(例如,1、2、3可能表示不同的斜率類型)。

  • ca:冠狀動脈造影的主要血管數(shù)量 - 這可能是一個分類變量,表示在冠狀動脈造影中檢測到的主要血管數(shù)量(0可能表示無血管受損,其他數(shù)字可能表示受損血管的數(shù)量)。

  • thal:缺陷類型 - 這可能是一個分類變量,表示某種心臟缺陷或病理狀況的類型。

  • target:目標變量 - 這是我們要預測或分類的變量。通常,1可能表示病人有心臟病,0可能表示沒有。

下面是北太天元軟件的代碼, 關于心臟病數(shù)據(jù)集的多類支持向量機(SVM)分類器的完整實現(xiàn),包括數(shù)據(jù)預處理、主成分分析(PCA)降維、交叉驗證劃分、模型訓練和測試、以及結果可視化。下面是對代碼的詳細解讀:

導入插件和數(shù)據(jù)

北太天元代碼

load_plugin("optimization");
data = readmatrix('heart disease.csv');


load_plugin("optimization"): 加載優(yōu)化工具箱,用于求解二次規(guī)劃問題。

readmatrix('heart disease.csv'): 讀取心臟病數(shù)據(jù)集。

數(shù)據(jù)預處理

北太天元代碼

if any(any(ismissing(data)))
    data = rmmissing(data);
end

檢查數(shù)據(jù)中是否有缺失值,并使用rmmissing函數(shù)刪除包含缺失值的行。

分離特征和標簽

北太天元代碼

X = data(:,1:end-1);
y = data(:,end);

將數(shù)據(jù)集中的最后一列作為標簽,其余列作為特征。

主成分分析降維

北太天元代碼

[coeff,score,latent] = pca(X);
X_pca = score(:,1:2);

使用自定義的pca函數(shù)對特征進行降維,保留前兩個主成分。

劃分訓練集和測試集

北太天元代碼

cv = my_cvpartition(size(X_pca,1),'HoldOut',0.3);
% ...(省略部分代碼)

使用自定義的my_cvpartition函數(shù)進行HoldOut交叉驗證劃分,將數(shù)據(jù)集分為70%的訓練集和30%的測試集。

訓練SVM模型

北太天元代碼

SVMModel = my_fitcecoc(X_train,Y_train,C);

使用自定義的my_fitcecoc函數(shù)訓練多類SVM模型。該函數(shù)內部采用一對一(One-vs-One)策略,為每個類別對訓練一個SVM分類器。

預測測試集并計算準確率

北太天元代碼

[label,score] = predict(SVMModel,X_test);
accuracy = sum(label-1 == Y_test) / length(Y_test);

使用predict函數(shù)對測試集進行預測,并計算準確率。注意這里假設標簽是從1開始的,所以計算準確率時需要將預測的標簽減1。

可視化

matlab復制代碼

gscatter(X_pca(:,1),X_pca(:,2),y);
% ...(省略繪制決策邊界的代碼)

使用gscatter函數(shù)繪制原始數(shù)據(jù)點的散點圖,并使用輪廓線繪制決策邊界。

自定義函數(shù)解讀

pca: 實現(xiàn)主成分分析算法,對數(shù)據(jù)進行降維。

my_cvpartition: 自定義的交叉驗證劃分函數(shù),這里只實現(xiàn)了HoldOut方法。

my_fitcecoc: 實現(xiàn)多類SVM分類器的訓練,采用一對一策略。

my_fitcsvm和my_fitcsvm_soft: 實現(xiàn)硬間隔和軟間隔SVM分類器的訓練,使用二次規(guī)劃求解。

predict: 對測試集進行預測,并返回預測的標簽和得分。

predictOneVsAll: 使用單個SVM模型進行預測,并返回預測結果和決策函數(shù)的值。

注意事項

  • 代碼中存在一些假設和簡化,例如標簽從1開始、直接計算決策函數(shù)的值作為得分等,這些在實際應用中可能需要根據(jù)具體情況進行調整。

  • 在使用二次規(guī)劃求解SVM問題時,需要注意目標函數(shù)和約束條件的設置,以確保求解的正確性。

  • 可視化部分僅繪制了前兩個主成分的散點圖和決策邊界,對于更高維度的數(shù)據(jù)可能需要進行其他形式的可視化。


下面是全部代碼

load_plugin("optimization");
% 導入數(shù)據(jù)
data = readmatrix('heart disease.csv');
% 檢查并處理缺失值
if any(any(ismissing(data)))
    data = rmmissing(data);
end
% 分離特征和標簽
X = data(:,1:end-1);
y = data(:,end);
% 主成分分析降維
[coeff,score,latent] = pca(X);
X_pca = score(:,1:2);
% 劃分訓練集和測試集
cv = my_cvpartition(size(X_pca,1),'HoldOut',0.3);
idx = cv.test;
train_idx = setdiff(1: size(X_pca,1), idx);
X_train = X_pca(train_idx,:);
Y_train = y(train_idx,:);
X_test = X_pca(idx,:);
Y_test = y(idx,:);
% 訓練SVM模型
C = 1e2; % 設置較大的C值以確保硬間隔分類(對于線性可分數(shù)據(jù))
SVMModel = my_fitcecoc(X_train,Y_train,C);
% 預測測試集
[label,score] = predict(SVMModel,X_test);
% 計算準確率
accuracy = sum(label-1 == Y_test) / length(Y_test);
% 可視化
gscatter(X_pca(:,1),X_pca(:,2),y);
hold on;
% 繪制決策邊界c
d = 0.15;
[x1Grid,x2Grid] = meshgrid(min(X_pca(:,1)):d:max(X_pca(:,1)),...
min(X_pca(:,2)):d:max(X_pca(:,2)));
xGrid = [x1Grid(:),x2Grid(:)];
[~,scores] = predict(SVMModel,xGrid);
contour(x1Grid,x2Grid,reshape(scores(:,2),size(x1Grid)),[0 0],'k');
% 輸出準確率
fprintf('The accuracy of the SVM model is %.2f%%\n', accuracy * 100);
hold off;
function [coeff, score, latent] = pca(X)
    % X: 數(shù)據(jù)矩陣,每一列是一個特征,每一行是一個樣本
    % coeff: 主成分系數(shù)
    % score: 表示主成分得分
    % latent: 主成分對應的特征值
    % 標準化數(shù)據(jù)(均值為0,方差為1)
    X = (X - mean(X)) ./ std(X);
%    X = (X - mean(X));
    % 計算協(xié)方差矩陣
    CovMat = cov(X);
    % 對協(xié)方差矩陣進行特征值分解
    [V, D] = eig(CovMat);
    % 將特征值按降序排序,并獲取對應的特征向量
    [latent, order] = sort(diag(D), 'descend');
    coeff = V(:, order);
    % 計算主成分得分
    score = X * coeff;
end
function cv = my_cvpartition(n, method, param)
    % n: 總樣本數(shù)
    % method: 分區(qū)方法,目前僅支持 'HoldOut'
    % param: 分區(qū)方法的參數(shù),對于 'HoldOut',該參數(shù)為留出的比例
    % 初始化輸出結構體
    cv = struct('train', [], 'test', []);
    if strcmp(method, 'HoldOut')
        % 生成一個從 1 到 n 的整數(shù)數(shù)組
        idx = 1:n;
        % 隨機打亂 idx 數(shù)組
        idx = idx(randperm(n));
        % 計算留出樣本的數(shù)量
        numHoldOut = floor(n * param);
        % 分配訓練和測試索引
        cv.test = idx(1:numHoldOut);
        cv.train = idx(numHoldOut+1:end);
    else
        error('Unsupported partition method.');
    end
end
function SVMModel = my_fitcecoc(X_train, Y_train, C)
    % X_train: 特征矩陣 (n x d),其中 n 是樣本數(shù),d 是特征維度
    % Y_train: 標簽向量 (n x 1)
    % C: 正則化參數(shù),控制對錯分樣本的懲罰程度
    % 獲取類別數(shù)量
    uniqueClasses = unique(Y_train);
    numClasses = length(uniqueClasses);
    % 初始化 SVM 模型結構體數(shù)組
    SVMModel = struct('Classifiers', cell(numClasses*(numClasses-1)/2, 1), ...
    'ClassPairs', [], 'ClassPairsIndex', [], 'UniqueClasses', uniqueClasses);
    % 訓練一對一 SVM 分類器
    classifierIndex = 1;
    for i = 1:numClasses
        for j = (i+1):numClasses
            % 提取當前類別對的訓練數(shù)據(jù)
            classI = Y_train == uniqueClasses(i);
            classJ = Y_train == uniqueClasses(j);
            X_train_ij = [X_train(classI, :); X_train(classJ, :)];
            Y_train_ij = [ones(sum(classI), 1); -1*ones(sum(classJ), 1)];
            % 訓練 SVM 分類器
            SVMModel.Classifiers{classifierIndex} = my_fitcsvm_soft(X_train_ij, Y_train_ij, C);
            % 記錄當前分類器對應的類別對
            SVMModel.ClassPairs(classifierIndex, :) = [uniqueClasses(i), uniqueClasses(j)];
            SVMModel.ClassPairsIndex(classifierIndex, :) = [i,j];
            classifierIndex = classifierIndex + 1;
        end
    end
end
function [wb] = my_fitcsvm(X, Y)
    % X: 特征矩陣 (n x d),其中 n 是樣本數(shù),d 是特征維度
    % Y: 標簽向量 (n x 1),取值為 +1 或 -1
    load_plugin("optimization");
    % 假設X和Y已經(jīng)定義,如之前的示例
    N = size(X, 1); % 數(shù)據(jù)點的數(shù)量
    D = size(X,2); % 數(shù)據(jù)的維度
    % 將w和b組合成一個向量,以便使用quadprog
    % 注意:這里我們將w放在前面,b放在最后
    p = rand(D + 1, 1); % 初始猜測解(通常設為0)
    Aeq = []; % 沒有等式約束
    beq = [];
    % 構造二次規(guī)劃的目標函數(shù)和線性不等式約束
    H = eye(D+1); % Hessian矩陣(目標函數(shù)的二次項系數(shù))
    f = zeros(D+1,1); % 目標函數(shù)的一次項系數(shù)(對于SVM原始問題,通常為負)
    % 線性不等式約束 Ax <= b
    % 對于每個數(shù)據(jù)點 (x_i, y_i),我們有 y_i * (w' * x_i + b) >= 1
    A = [-Y.*X, -Y]; % 不等式約束的系數(shù)矩陣
    b = -ones(N, 1); % 不等式約束的右側向量
    % 使用quadprog求解二次規(guī)劃問題
    options = optimoptions('quadprog','Algorithm','interior-point');
    [w_b, fval, exitflag, output] = quadprog(H, f, A, b, Aeq, beq, [], [], p, options);
    % 分離出w和b
    w = w_b(1:D);
    b = w_b(D+1);
    wb = struct('w',w,'b',b);
end
function [wb] = my_fitcsvm_soft(X, Y, C)
    % X: 特征矩陣 (n x d),其中 n 是樣本數(shù),d 是特征維度
    % Y: 標簽向量 (n x 1),取值為 +1 或 -1
    % C: 正則化參數(shù),控制對錯分樣本的懲罰程度
    % 假設X和Y已經(jīng)定義,如之前的示例
    N = size(X, 1); % 數(shù)據(jù)點的數(shù)量
    D = size(X, 2); % 數(shù)據(jù)的維度
    % 初始化松弛變量(slack variables)
    xi = zeros(N, 1);
    % 將w和b以及松弛變量組合成一個向量,以便使用quadprog
    p = zeros(D + 1 + N, 1); % 初始猜測解
    % 構造二次規(guī)劃的目標函數(shù)和線性不等式約束
    H = [diag( [ones(1,D),0] ), zeros(D+1, N); zeros(N, D+1), zeros(N,N)]; % Hessian矩陣
    f = [zeros(D+1, 1); C*ones(N, 1)]; % 目標函數(shù)的一次項系數(shù)
    % 線性不等式約束 Ax <= b
    % 對于每個數(shù)據(jù)點 (x_i, y_i),我們有 y_i * (w' * x_i + b) >= 1 - xi_i
    A = [-Y.*X, -Y, diag( -ones(1,N) )]; % 不等式約束的系數(shù)矩陣
    b = -ones(N, 1); % 不等式約束的右側向量
    Aeq = []; % 沒有等式約束
    beq = [];
    lb = [ -inf*ones(D+1,1); zeros(N,1)];
    ub = inf*ones(D+1+N,1);
    % 使用quadprog求解二次規(guī)劃問題
    options = optimoptions('quadprog','Algorithm','interior-point');
    [w_b_xi, fval, exitflag, output] = quadprog(H, f, A, b, Aeq, beq, lb, ub, p, options)
    % 分離出w, b和xi
    w = w_b_xi(1:D);
    b = w_b_xi(D+1);
    xi = w_b_xi(D+2:end);
    % 構造并返回結構體wb,包含w和b
    wb = struct('w', w, 'b', b);
end
function [label, score] = predict(SVMModel, X_test)
    % SVMModel: 訓練好的多類SVM模型,由my_fitcecoc函數(shù)返回
    % X_test: 測試集特征數(shù)據(jù)
    % label: 預測的類別標簽
    % score: 預測的得分(可選,這里簡化為投票得分)
    % 初始化預測標簽和得分
    [numTest, ~] = size(X_test);
    numClasses = length(SVMModel.Classifiers);
    label = zeros(numTest, 1);
    score = zeros(numTest, numClasses);
    % 對每個測試樣本進行預測
    for i = 1:numTest
        sample = X_test(i, :);
        votes = zeros(1, numClasses+1);
        % 使用每個SVM分類器進行預測,并進行投票
        for j = 1:numClasses
            svmModel = SVMModel.Classifiers{j};
            [~, ~, ~, output] = predictOneVsAll(svmModel, sample);
            if output == 1
                classIdx1 = SVMModel.ClassPairsIndex(j, 1);
                votes(classIdx1) = votes(classIdx1) + 1;
            else
                classIdx2 = SVMModel.ClassPairsIndex(j, 2);
                votes(classIdx2) = votes(classIdx2) + 1;
            end
        end
        % 找到得票最多的類別作為預測標簽
        [~, maxVoteIdx] = max(votes);
        label(i) = SVMModel.UniqueClasses(maxVoteIdx);
        score(i, maxVoteIdx) = votes(maxVoteIdx); % 將最高票數(shù)作為得分
    end
end
function [predictedLabel, predictedScore, decisionValues, output] = predictOneVsAll(svmModel, sample)
    % 使用單個SVM模型進行預測
    % 這里簡化為直接計算決策函數(shù)的值,實際應用中可能需要更復雜的處理
    w = svmModel.w;
    b = svmModel.b;
    decisionValues = dot(w, sample) + b;
if decisionValues >= 0
        predictedLabel = 1; % 屬于正類
    else
        predictedLabel = -1; % 屬于負類
    end
    predictedScore = abs(decisionValues); % 決策函數(shù)的絕對值作為得分
    output = predictedLabel; % 用于投票的輸出
end


處理非連續(xù)或非標準化標簽

處理非連續(xù)或非標準化標簽(例如,不是從1開始的整數(shù)或不是連續(xù)整數(shù))是機器學習中的一個常見問題。在我的SVM分類器實現(xiàn)中,為了處理這種情況,我引入了SVMModel.UniqueClasses和SVMModel.ClassPairsIndex兩個字段。下面我將詳細解釋這兩個字段的作用以及如何在預測過程中使用它們。

SVMModel.UniqueClasses

SVMModel.UniqueClasses存儲了數(shù)據(jù)集中所有唯一的類別標簽。當訓練數(shù)據(jù)中的標簽不是從1開始的連續(xù)整數(shù)時,這個字段特別有用。例如,如果標簽是[-1, 0, 2],那么UniqueClasses就會是[-1, 0, 2]。

在訓練過程中,這個字段用于記錄所有不同的標簽,以便在預測時能夠正確地將預測的類別索引映射回原始標簽。

SVMModel.ClassPairsIndex

SVMModel.ClassPairsIndex存儲了訓練一對一SVM分類器時所使用的類別對的索引。由于我們可能不能直接使用原始標簽作為索引(尤其是當它們不是從1開始的連續(xù)整數(shù)時),我們需要一個從1開始的連續(xù)整數(shù)索引來標識不同的類別。這個索引在訓練SVM分類器和投票過程中都是必要的。

例如,如果UniqueClasses是[-1, 0, 2],我們可以為這些類別分配一個從1開始的索引:-1對應索引1,0對應索引2,2對應索引3。然后,ClassPairsIndex就會存儲這些索引對應的類別對,例如[1, 2]、[1, 3]和[2, 3]。

在預測過程中使用這些字段

在預測過程中,SVMModel.UniqueClasses和SVMModel.ClassPairsIndex一起使用來確保正確的類別映射。以下是一個簡化的流程:

  • 對于測試集中的每個樣本,使用所有的一對一SVM分類器進行預測。

  • 根據(jù)每個分類器的預測結果(正類或負類)進行投票。但是,由于我們使用了從1開始的連續(xù)整數(shù)索引來標識類別,因此投票結果也是基于這些索引的。

  • 找到得票最多的索引(例如,索引2)。

  • 使用SVMModel.ClassPairsIndex(如果必要的話)和SVMModel.UniqueClasses將得票最多的索引轉換回原始標簽。在這個例子中,索引2對應UniqueClasses中的第二個元素,即標簽0。

  • 返回預測的原始標簽作為預測結果。

通過這種方式,即使訓練數(shù)據(jù)中的標簽不是從1開始的連續(xù)整數(shù),我的SVM分類器實現(xiàn)也能夠正確地預測類別并返回原始標簽。

軟間隔的SVM(支持向量機)算法

軟間隔的SVM(支持向量機)算法是為了解決線性不可分或存在噪聲數(shù)據(jù)的問題而引入的。在硬間隔SVM中,所有樣本都必須被正確地分類,這在實際應用中往往很難滿足。軟間隔SVM則允許部分樣本被錯誤分類,通過在目標函數(shù)中引入一個懲罰項(或稱為損失函數(shù))來控制這種錯誤分類的程度。

軟間隔SVM的算法可以通過二次規(guī)劃問題來描述。二次規(guī)劃問題是一個優(yōu)化問題,它涉及最小化或最大化一個二次函數(shù),同時滿足一組線性不等式約束。在軟間隔SVM中,這個二次函數(shù)通常與超平面的參數(shù)(如權重向量w和偏置項b)有關,而約束條件則與樣本點到超平面的距離和分類正確性有關。


下面是軟間隔SVM二次規(guī)劃問題的標準形式:

image.png

image.png

靈感來自盧朓老師《數(shù)值方法:原理、算法及應用》課堂 學生大作業(yè)~

學生作業(yè)的原代碼是用MATLAB寫的,以上為盧朓老師修改之后可以在北太天元上運行的代碼分享

原視頻見下方:


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